Pada medio 1990-an pemerintah menggulirkan program reformasi manajemen PNS antara lain melalui pembentukan struktur organisasi instansi pemerintah dengan paradigma 'miskin struktur kaya fungsi'.  Salah satu imbas dari upaya reformasi manajemen tersebut adalah terbentuknya Jabatan Fungsional Auditor (JFA) melalui Keputusan Menteri Negara Pendayagunaan Aparatur Negara (MenPAN) Nomor 19/1996 Tanggal 2 Mei 1996. Pembentukan JFA dimaksudkan untuk memenuhi kebutuhan tersedianya PNS yang ditugaskan secara penuh waktu untuk melaksanakan tugas pengawasan secara profesional dan untuk menjamin pembinaan profesi, karier, kepangkatan dan jabatan dalam rangka meningkatkan mutu pengawasan di lingkungan Instansi Pemerintah.

Untuk lebih menjamin terlaksananya pembinaan JFA secara efisien, efektif dan berkesinambungan diperlukan suatu instansi pembina JFA. Sehubungan dengan hal tersebut dalam Keputusan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor 19/1996, Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan (BPKP) ditetapkan sebagai Instansi Pembina JFA di lingkungan Aparat Pengawasan Intern Pemerintah.

Sesuai dengan Peraturan Kepala BPKP Nomor 5 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan, Pusat Pembinaan Jabatan Fungsional Auditor yang selanjutnya disebut Pusbin JFA  mempunyai tugas melaksanakan pembinaan dan sertifikasi jabatan fungsional auditor.

Dalam melaksanakan tugas tersebut, Pusbin JFA dipimpin oleh Kepala Pusat Pembinaan Jabatan Fungsional Auditor setingkat Eselon II dan dibantu oleh tiga Koordinator Bidang setara Eselon III , enam Subkoordinator setara eselon IV dan satu Subbagian Tata Usaha, yang terdiri atas:

1. Koordinator Bidang Pengembangan dan Fasilitasi, mempunyai tugas melaksanakan pengembangan, pembinaan, dan fasilitasi jabatan fungsional auditor di seluruh aparat pengawasan intern pemerintah. Untuk melaksanakan tugas tersebut Koordinator dibantu oleh dua orang Subkoordinator setara eselon IV, yaitu Subkoordinator Pengembangan dan Pembinaan serta Subkoordinator Fasilitasi Penerapan Jabatan Fungsional Auditor.
2. Koordinator Bidang Sertifikasi dan Pengelolaan Data, mempunyai tugas melaksanakan sertifikasi dan mengembangkan sistem informasi jabatan fungsional auditor. Untuk melaksanakan tugas tersebut Koordinator dibantu oleh dua orang Subkoordinator setara eselon IV, yaitu Subkoordinator Sertifikasi serta Subkoordinator Pengelolaan Data Jabatan Fungsional Auditor.
3. Koordinator Bidang Program dan Evaluasi, mempunyai tugas melaksanakan penyusunan dan evaluasi program, serta evaluasi penerapan jabatan fungsional auditor. Untuk melaksanakan tugas tersebut Koordinator dibantu oleh dua orang Subkoordinator setara eselon IV, yaitu Subkoordinator Program dan Evaluasi Penerapan Jabatan Fungsional Auditor Instansi Pusat dan Daerah I serta Subkoordinator Program dan Evaluasi Penerapan Jabatan Fungsional Auditor Instansi Pusat dan Daerah II.
4. Subbagian Tata Usaha yang mempunyai tugas melaksanakan administrasi ketatausahaan, kepegawaian, keuangan dan umum di pusbin JFA, penyediaan informasi terkait jabatan fungsional auditor, koordinasi penyelenggaran sistem pengendalian intern pemerintah dan reformasi birokrasi, serta penyusunan rencana, program kerja, evaluasi serta laporan kegiatan dan akuntabilitas kinerja Pusbin JFA.